Um dos problemas que os alunos da FCUL enfrentam prende-se com o facto de não existir um espaço para comer uma refeição completa e equilibrada a um preço acessível. As opções que existem na faculdade, quer seja o bar do C8, quer seja o restaurante do C6, não cumprem os requisitos necessários e muito menos têm capacidade para acolher a maioria dos alunos durante o período de almoço.

Os estudantes contestam, igualmente, o pagamento das propinas, cujo valor coíbe muitos estudantes de ingressar e até mesmo prosseguir os estudos, que são um dos maiores entraves à democratização do Ensino Superior. A par disto, os estudantes e investigadores da Faculdade de Ciências exigem o fim das taxas de submissão de tese de mestrado e doutoramento.

Outro grave entrave à democratização da Faculdade de Ciências é o número de estudantes representados no Conselho de Escola (CE). Neste momento, apenas um aluno é permitido pelos estatutos da Faculdade, fruto, por um lado, das imposições do Regime Jurídico das Instituições de Ensino Superior (RJIES) e, por outro, do facto de existirem mais membros externos cooptados do que estudantes eleitos, o que é inaceitável na segundo maior faculdade da Universidade de Lisboa, com cerca de seis mil alunos.

Por último, refere-se que a Direcção da instituição tem tido uma política ruinosa no que toca à gestão do Departamento de História e Filosofia das Ciências. O objectivo, segundo os estudantes, tem sido a extinção do Centro de Filosofia das Ciências da Universidade de Lisboa (CFCUL), julgando-o «fora do âmbito de uma Faculdade de Ciências», tirando-lhe o financiamento e desprovendo-o de recursos materiais e pessoais.