A crise política e religiosa que opôs as elites católicas e protestantes originou um dos capítulos mais sombrios da história de França. Na noite de 24 de Agosto e durante vários dias milhares de protestantes são executados para impedir a propagação de um culto a que aderira parte da nobreza e que punha em causa o poder real. O édito de tolerância de São Bartolomeu, assinado em 1562 sob a égide de Charles IX, que garantia segurança aos protestantes e o direito a manter certas praças fortes, foi revogado pelo Conselho real sob pressão do partido católico pró espanhol e com a ameaça de uma eventual guerra com Espanha. As acusações de sedição convencem o rei, que acata a decisão de eliminar os dirigentes huguenotes considerados mais perigosos, a começar pelo poderoso Gaspard de Coligny. A matança nas ruas de Paris dura até 29 de Agosto e faz entre 2000 a 4000 vítimas; no resto do país os massacres prosseguem até meados de Setembro. No total, a matança de São Bartolomeu, como ficou conhecida, terá feito 10 000 mortos. O papa celebra a «vitória» com uma missa em Roma. O édito de Bolonha, de 11 de Julho de 1573, põe fim ao conflito: dá liberdade de consciência aos protestantes mas limita a liberdade de culto às cidades La Rochelle, Nîmes e Montauban.