Nascido com o nome de Theophylactus III de Túsculo, em data incerta, no seio da alta nobreza romana, Bento IX sucedeu a João XIX (1024-1032) num processo a que não terão sido alheias a influência e riqueza da sua família. Sem formação para tão importante cargo, segundo alguns historiadores, Bento IX exerce o seu primeiro pontificado durante 12 anos, de Outubro de 1032 a Setembro de 1044, altura em que é forçado a sair de Roma sob violentas acusações de envolvimento em assassinatos, orgias e outros crimes, cuja veracidade ainda se discute. Sucede-lhe Silvestre III, que não chega a aquecer o lugar, acusado de ter chegado ao cargo pela via do suborno. Bento IX reúne apoios e inicia um segundo pontificado, mas ao fim de um mês, ao que consta sob a influência do álcool, vende o trono papal ao sacerdote italiano João Graciano, facto inédito na história da Igreja. Graciano, adopta o nome de Gregório VI, mas acaba por renunciar, não resistindo às acusações de simonia. Segue-se Clemente II, que morre poucos meses depois de ter assumido o papado; consta que terá tentado acabar com as transacções de cargos eclesiásticos. Bento IX volta ao pontificado, que exerce de Outubro de 1047 a Julho de 1048, acabando expulso pelas tropas germânicas. Foi excomungado em 1049.